Indetectables

Cuando convertí un archivo de Python en un exe probé apagando el PC y luego encendiendolo a ver si el programa se seguía corriendo una vez encendido el PC abrí el administrador de tareas ya no se estaba ejecutando el archivo.exe. ¿Como hago para que siempre se ejecute y no importa si la PC se apaga? Que cuando se encienda se siga ejecutando.

Tenés que llamar tu ejecutable desde el regedit desde la subrama Run, por ejemplo. 
Fijate si esto te sirve:

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Bueno no se que es eso pero lo investigaré y le miraré el link gracias por el dato pero y si yo lo quiero instalar en otro PC? yo lo que busco es que siempre se ejecute y que lo pueda ejecutar en otros PC y aunque el PC se pague que cuando se prenda el PC se siga ejecutando el archivo.exe. tendría que usar una Liberia de Python en específico?

Se llama "autoinicio" eso y es parte de las tácticas de "persistencia". Tenes cientos de temas que hablan sobre eso en el foro, sino googlea las palabras que te deje marcadas y segui los ejemplos que encuentres.

Para conseguir persistencia como dice DSR! tienes que añadir una clave al registro de windows, en este caso con Python puedes hacer una llamada al sistema con "os" y añadir una clave de esta manera: